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FAUNA TERRESTRE
A fauna terrestre alberga algumas espécies de vertebrados (aves, lagartixas e mamíferos) e uma grande variedade de invertebrados muitos dos quais são endémicos.
ARTRÓPODES
Os artrópodes dominam e apresentam a maior diversidade, com cerca de 769 táxones e também o número mais elevado de endemismos, 201, dos quais 64 são exclusivos do Porto Santo, 88 são madeirenses e 49 macaronésicos.
Nos insetos, estão contabilizados 675 táxones (52 endémicos do Porto Santo), sendo os mais abundantes os escaravelhos (274 táxones), seguindo-se as borboletas e as traças (137 táxones).
RÉPTEIS
Nos répteis estão identificados dois táxones, um deles endémico do Porto Santo, a lagartixa (Teira dugesii jogeri).
FAUNA MARINHA
A sua fauna ictiológica (peixes demersais) é semelhante à das restantes ilhas do arquipélago, quer em riqueza de espécies quer em diversidade biológica.
Nas espécies com interesse pesqueiro até 100m de profundidade, são abundantes: o pargo (Pagrus pagrus), a garoupa (Serranus atricauda), a abrótea (Phycis phycis), o requeme (Pontinus kuhlii), o sargo (Diplodus sargus), a seifia (Diplodus vulgaris), o peixe-porco (Balistes capriscus), o bodião (Sparisoma cretense), o peixe-cão (Bodianus scrofa), o peixe-carneiro (Scorpaena scrofa), o goraz (Pagellus bogaraveo), o cherne (Polyprion americanus), o charéu (Pseudocaranx dentex), os charuteiros (Seriola spp.) e as castanhetas (Chromis limbata).
São também relativamente abundantes a moreia (Muraena helena), o congro (Conger conger), os moreões (Gymnothorax spp.), as raias (Raja spp.) e os ratões (Dasyatis spp).
Adicionalmente a esta fauna, ocorrem várias espécies de cetáceos como o golfinho-roaz (Tursiops truncatus), também inscrito no Anexo II dessa diretiva e outras listadas no Anexo IV como o golfinho-comum (Delphinus delphis), o golfinho-pintado (Stenella frontalis) e o cachalote (Physeter macrocephalus).