A Reserva da Biosfera proposta compreende distintas áreas protegidas e classificadas. Esta inclui a Rede de Áreas Marinhas Protegidas do Porto Santo (RAMPPS), aprovada pelo Decreto Legislativo Regional n.º 32/2008/M, de 13 de agosto; duas Zonas Especiais de Conservação (ZEC): o Pico Branco (PTPOR0002) aprovada pela Resolução n.º 751/2009, de 2 de julho, e os Ilhéus do Porto Santo (PTPOR0001) aprovada pela Resolução do Conselho de Governo n.º 1341/2009, de 3 de novembro; por um SIC (SIC Cetáceos) aprovado pela Resolução n.º 699/2016, de 17 de outubro, incluído na Rede Natura 2000 – PTMMD0001 Cetáceos da Madeira, ao abrigo da Decisão de Execução (UE) 2019/20 da Comissão, de 14 de dezembro de 2018, que adota a sétima atualização da lista dos sítios de importância comunitária da região biogeográfica macaronésica;  e duas Áreas Importantes para as Aves e Biodiversidade (IBAs).

Para além disso, e consequência da especificidade e diversidade geológica, no território estão classificados dez Geossítios (Praia, Zimbralinho, Morenos, Pico de Ana Ferreira, Serra de Dentro, Pico da Cabrita, Fonte da Areia, Ilhéu de Cima - Pedra do Sol, Ilhéu de Cima - Cabeço das Laranjas, Ilhéu da Cal) e sete sítios de geodiversidade (Pico Espigão, Serra de Fora, Pico Branco, Porto das Salemas, Pico da Juliana, Pico do Facho e Pico do Castelo).

Acresce o facto da Pedreira do Pico de Ana Ferreira ser “Imóvel de Interesse Público e Valor Concelhio (Valor Regional) e Património Científico (geológico)”, de acordo com o PDM, ratificado pela Resolução da Presidência do Governo n.º 856/99 e ainda classificado como Património Cultural Natural, de Valor Regional, pela Resolução n.º 592/99; assim como o Maciço Montanhoso de Ana Ferreira, o Maciço Montanhoso Central do Porto Santo, a Praia e a Zona Dunar integrarem a Rede de Biótopos CORINE ao abrigo do outrora Programa CORINE 85/338/CEE.