Em relação à avifauna, considerando as nidificantes e migratórias, o Porto Santo contempla 59 táxones, dos quais 13 são endémicos, com quatro exclusivos da Madeira, nomeadamente: a manta (Buteo buteo harterti), o pintarroxo (Carduelis cannabina guentheri), a lavandeira (Motacilla cinerea schmitzi) e o bis-bis (Regulus madeirensis); a que acresce nove exclusivos da Macaronésia, como por exemplo o corre-caminhos (Anthus berthelotii madeirensis).

No grupo das rapinas é de destacar, para além da manta, a presença e nidificação do francelho (Falco tinnunculus canariensis), endémico da Macaronésia e a coruja-das-torres (Tyto alba schmitzi).

Outra subespécie que merece igualmente destaque é a codorniz (Coturnix coturnix confisa) endémica da Macaronésia, ocorrendo em Portugal apenas na Madeira e com o estatuto de “Pouco preocupante”. Embora esta codorniz integre a lista das aves cinegéticas, não apresenta importância relevante nessa atividade local. Não obstante, em cada época venatória, são fixados os limites diários de abate e períodos de caça, asseverando a sua conservação e manutenção do efetivo populacional.

No grupo das aves oceânicas ou pelágicas, merecem destaque a cagarra [Calonectris borealis (C. diomedea)], a alma-negra (Bulweria bulwerii), o roque-de-castro (Hydrobates castro) e o pintainho [Puffinus lherminieri (P. assimilis)], bem como a rolinha-da-praia (Charadrius alexandrinus) por ser uma das únicas espécies de Charadriiformes nidificante na RAM e ser considerada ecologicamente importante e estar “Criticamente em Perigo”, de acordo com o Livro Vermelho dos Vertebrados de Portugal.